近日，青岛农业大学园艺学院大葱分子设计育种创新团队在国际著名期刊Horticulture Research发表题为AlliumDB: A central portal for comparative and functional genomics in Allium的研究论文。该研究通过整合葱属多个物种的基因组、转录组、变异组、表型组等数据，构建了一个葱属比较基因组学和功能基因组学数据库，为葱属作物遗传育种研究提供了重要的数据资源和分析平台。
葱属（AlliumL.）是单子叶植物中最大的属之一，包括许多经济上重要的蔬菜如洋葱、大蒜、葱和韭菜等。葱属植物拥有相对较大的基因组（10–30 Gb），限制了全基因组水平上对农艺性状的解析，虽然近年来基因组、变异组、转录组、蛋白组等数据快速积累，但目前尚未有一个全面、系统的葱属多组学数据整合和分析平台，严重阻碍了功能基因的挖掘和分子育种进程。
为此，研究团队开发了葱属比较基因组学和功能基因组学数据库AlliumDB（https://allium.qau.edu.cn）。该数据库包含葱属物种核和细胞器基因组、群体遗传变异、基因表达谱和共表达网络、蛋白丰度、共线性区块和同源基因、系统的基因功能注释、种质资源表型照片和性状记录，并提供了多样的查询方法，以交互的可视化和表格展示查询结果。同时，还集成了JBrowse基因组浏览器、BLAST比对、序列提取、基因表达热图绘制、GO/KEGG/基因家族功能富集和motif分析等实用的分析工具和下载中心，将有助于阐明葱属作物关键性状的分子机制，以制定未来的最佳育种策略。
AlliumDB数据库概览
该研究得到了国家自然科学基金、山东省人民政府“泰山学者”基金、山东省自然科学基金及山东省高等学校青创人才引育项目的资助。青岛农业大学园艺学院在读硕士研究生杨鹏涛、原玉为论文第一作者，青年教师刘悦、张忠华教授和吕丙盛教授为论文通讯作者。课题组青年教师闫超、贾越、本科生娄奥、扬州大学农学院青年教师尤琪、西北师范大学生命科学学院达玲玲副教授也参与了相关工作。
青岛农业大学园艺学院大葱分子设计育种创新团队成立于2020年，团队目前已从33个国家搜集大葱种质资源719份，并已完成其中414份种质资源的全基因组重测序，获得了约27 Tb的数据。已完成章丘大葱的基因组测序与组装工作。结合已发表数据，搭建了葱属功能基因组学综合信息平台。同时，建立了大葱成熟胚组培高频再生体系，为进一步构建大葱遗传转化体系奠定了基础。在此基础上，团队综合利用功能基因组学和分子生物学技术开展大葱产量、品质、抗逆、生育期、营养利用效率等重要农艺性状的分子机制研究，挖掘和利用控制重要农艺性状的关键基因，建立大葱分子育种技术体系。
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