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免疫治疗研究,这个宝藏数据库你一定要用!

原标题:免疫治疗研究,这个宝藏数据库你一定要用!

撰写:生信小师妹 来源:小张聊科研平台的“ i生信”公众号,微信公众号搜索“ i生信”即可关注/扫描关注见文末

#免疫治疗# #数据库# #数据分析#

今天给大家分享一个超级好用的免疫治疗研究数据库:ICBatlas数据库。ICBatlas是第一个全面描述ICB治疗的转录组水平数据资源,由华中科技大学生命学院郭安源教授在2022年9月12日于《Cancer Immunology Research》期刊发表论文:ICBatlas: A comprehensive resource for depicting immune checkpoint blockade therapy characteristics from transcriptome profiles。

数据库网站:http://bioinfo.life.hust.edu.cn/ICBatlas/

数据库数据信息

该数据库整合了TCGA, ArrayExpress, NCBI GEO等数据库的25个基因表达谱数据集,包含9种癌症(皮肤黑色素瘤,非小细胞肺癌,肾细胞癌,尿路上皮癌,肝细胞癌,胶质母细胞瘤,头颈部鳞状细胞癌,恶性腹膜间皮瘤,胃癌)、1515个ICB治疗患者样本数据。

数据库数据信息

各数据集的样本分组及样本数

数据库功能

1、基于免疫治疗响应vs非响应分组数据差异分析探究免疫治疗响应分子机制

点击Response(R vs NR)可查看免疫治疗响应vs非响应分组数据集的差异表达基因,富集的功能通路,免疫细胞浸润情况,以及挖掘与患者生存预后相关的基因。

(1)热图火山图展示组间表达差异基因

(2)差异表达基因列表

(3)显著富集通路列表

(4)免疫浸润情况

(5)生存预后相关基因

2、基于免疫治疗前vs治疗后分组数据挖掘免疫治疗靶基因及相关通路

点击”Treatment(Pre vs On)”可查看免疫治疗前vs免疫治疗分组数据集的差异表达基因,富集的功能通路,免疫细胞浸润情况,以及挖掘与患者生存预后相关的基因。(PS:这个模块分析内容与Response(R vs NR)模块一致,只是分析所用的分组数据不同,这里不再截图赘述)

3、基于响应评分(Response score)挖掘免疫治疗响应标志物

点击”Response Score (RS)”可查看差异表达基因的免疫治疗响应评分(RS),基于RS预测该基因对ICB治疗响应的形象。其中RS值为正表示该基因高表达可能有助于ICB治疗的良好预后(Positive Gene)。相反,RS值为负的基因表示其高表达可能导致ICB治疗的预后不良(Negative Gene)。RS绝对值越大表示该基因对免疫治疗效果影响越大。

(1)展示RS正负值TOP50的基因

(2)分别展示Positive Gene和Negative Gene基因列表

4、检索目标基因,目标功能通路及目标免疫细胞群在免疫治疗数据集中的表达分布情况

点击”Search”选择By Gene Symbol,By Pathway,By Cell Type可分别检索目标基因、目标通路及免疫细胞群在免疫应答与治疗组间的表达分布,给出GO、KEGG、GSEA和GSVA在不同肿瘤中的重要通路(基因集),以及研究不同肿瘤应答和治疗之间免疫细胞的丰度。

(1)查看目标基因的全面信息(链接到Ensembl和GeneCards数据库)

(2)查看目标通路中的差异表达基因

(3)查看关注的免疫细胞在组间的丰度差异

原文链接:https://mp.weixin.qq.com/s/TkJRcjsVd6BcXRIGZTZiAQ返回搜狐,查看更多

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发布于:上海市
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