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上次分享了免疫共沉淀的基本原理及实验对照设计原则免疫共沉淀（Co-IP）结果图解读（上），今天我们利用上次所学知识来尝试解读文献中的CO-IP结果图。
案例一
该图为验证蛋白EDR1与蛋白EDR4之间是否存在相互作用的结果图。由图中可以得到，蛋白EDR4带有GDP标签，蛋白EDR1带有FLAG标签，该实验为利用蛋白标签来沉淀和检测蛋白；该CO-IP实验实验被分为两组，第一组存在GFP标签及EDR1-FLAG蛋白，第二组存在EDR4-GFP蛋白及EDR1-FLAG蛋白；图中共有三组胶图，分别是Inut组，IP组，以及CO-IP组。
观察图片的顺序为Co-IP实验操作顺序相同。首先观察Input组，即阳性对照组。第一块胶图为利用anti-FLAG沉淀FLAG标签，发现两个条带都在130kd处有蛋白，说明两组实验都存在EDR1-FLAG蛋白且其大小为130kd，第二块胶图为利用anti-GFP标签沉淀GFP标签，发现第一条带在25kd存在蛋白而第二条带在130kd存在蛋白，说明第一组实验存在GFP标签，且大小为25kd，第二组实验存在EDR4-GFP蛋白且大小为130kd。随后观察IP组，该组图表示的是利用anti-FLAG对EDR1-FLAG蛋白进行沉淀，图上显示两组实验在130kd都存在蛋白，说明两组实验的EDR1-FLAG被沉淀下来。最后观察CO-IP实验组，该组图表示在IP组的基础上进一步利用anti-GFP检测GFP标签，图上显示第一组实验没有条带，而第二组实验在130kd处有蛋白。说明IP组没有把GFP标签共沉淀下来，但是把EDR4-GFP蛋白共沉淀下来了。说明EDR1-FLAG蛋白不能与GFP标签相互作用，但是可以与EDR4-GFP蛋白相互作用，由此可得到结论：EDR1蛋白可以与EDR4蛋白存在相互作用。
案例二
该图为验证蛋白ChREBP与蛋白HDAC1之间是否存在互作的结果图。蛋白ChREBP带有FLAG标签，蛋白HDAC1带有Myc标签。该实验是利用标签抗体去沉淀及检测带有标签的蛋白。该实验共有三组，第一组为加Myc-HDAC1不加FLAG-ChREBP，第二组为加FLAG-ChREBP不加Myc-HDAC1，第三组为两个都加。实验共有四张胶图，分别为IB：Myc、IB：FLAG（这两张胶图为阳性对照），IP：FLAG IB：FLAG（IP组），IP：FLAG IB：Myc（Co-IP组）。
最下面两个胶图为利用IB验证Myc-HDAC1及FLAG-ChREBP存在的阳性对照。第二张胶图表示的实验操作是利用anti-FLAG沉淀FLAG-ChREBP蛋白，图上显示经IB验证第二、第三组FLAG-ChREBP蛋白被成功沉淀下来，而第一组没有结果（第一组不存在FLAG-ChREBP蛋白）。第一张胶图表示在anti-FLAG沉淀FLAG-ChREBP蛋白的基础进行IB检测验证Myc-HDAC1蛋白是否存在。图上显示第一、第二组实验没有检测到（第一组不存在FLAG-ChREBP蛋白，第二组不存在Myc-HDAC1蛋白），但是第三组实验检测到了Myc-HDAC1蛋白。由此可以得到结论：两个蛋白都存在的时候，当FLAG-ChREBP蛋白被沉淀，Myc-HDAC1蛋白也会被共沉淀下来，ChREBP蛋白与HDAC1蛋白之间存在相互作用。
案例三
该图为验证CAT3蛋白与CPK8蛋白之间存在相互作用的结果图。由图可以得到，两个蛋白分别加了标签，利用标签进行蛋白的沉淀及检测。实验共分三组，第一组为存在GFP-CAT3，不存在cMyc-CPK8；第二组为存在cMyc-CPK8不存在GFP-CAT3，第三组为两个都存在。实验共有两组胶图，一组为阳性对照组（Input组），另外一组为实验组（Output组）。由Input组可以得到结论：三组实验中的组分都是正确的。分析Output组发现：anti-cMyc在第二、第三条泳带都有，而anti-GFP只有第三条带有蛋白，由此推测实验组的实验操作为利用anti-cMyc进行沉淀实验，在利用IB检测GFP-CAT3的存在。从实验组第三条带可以发现当cMyc-CPK8蛋白被沉淀下来时GFP-CAT3蛋白也会被共沉淀下来，由此得到结论：cMyc-CPK8蛋白与GFP-CAT3蛋白存在相互作用。
来源:华中科技大学
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