1999年1月 “微软专家顾问委员会”宣布成立。 1999年1月 “微软学者计划”正式启动。该计划旨在资助并培养国内最优秀的计算机专业人才。 1999年3月 微软亚洲研究院宣布,向清华大学、北京大学和中国科技大学等10所高校捐赠价值一千五百万元的教学软件。 1999年6月 微软亚洲研究院在京首次举办“二十一世纪的计算”国际学术研讨会。 1999年10月 微软亚洲研究院与国家自然科学基金委员会信息科学部签署合作协议。 2000年1月 微软亚洲研究院与清华大学和浙江大学分别合作成立的“微软-清华多媒体实验室”及“微软-浙大视觉感知实验室”正式启动。
2000年2月 微软亚洲研究院举办了第一次“研究成果开放日”活动。