本区是羌塘内流湖区和长江北源水系交汇地区。东部是楚玛尔河组成的长江北源水系。为雨水、地下水补给，大部分为季节性河流。区内河谷地貌大多呈高原宽谷，其中一部分河流贯穿在古湖盆中。除局部河段受构造影响外，一般河谷阶地不发育。本区西部和北部是以湖泊为中心的内流水系，处于羌塘内流湖区的东北部，湖泊众多。其中面积200平方公里以上的湖泊有7个，最大的为乌兰乌拉湖，面积为544.5平方公里。主要湖泊都呈近东西方向展布。区内的湖泊退缩比较明显，但并不强烈。