微软公司已经公布将近50种可能与Windows XP Service Pack 2 发生问题的应用软件和电脑游戏。 微软在公司网站的“ 微软知识库 ”部分，详尽列出使用者安装SP2 后可能遭遇的不同问题。报告列出与SP2 冲突的应用软件，其中包括数个微软本身的产品，以及防毒工具、网络服务器软件和若干电脑游戏。 微软这份报告的主要重点是许多被点名的程序，以及会自动被SP2 视为安全默认值的Windows 防火墙系统相关缺失。文件中指出，最新版的防火墙可防止电脑实际与外部网络连线、限制系统有效接收信息的能力。更新版还会造成文件分享、远端单机、电子邮件通知和多人连线游戏等相关问题。 与SP2 相冲突的知名产品包括赛门铁克(Symantec)的防毒应用软件、CA(Computer Associates International )生产的网络管理软件，和Macromedia的多媒体工具。微软也承认本身的部分产品，包括Visual Studio.Net 、组态管理软件Operation Manager 、SQL 服务器和系统管理服务器软件，都必须经过调整才能与SP2 兼容。 微软已经警告使用该公司Outlook 1.2 版 Business Solution CRM Sales的客户，若安装SP2 将发生问题。微软已在网站上提供解决这项问题的补充程序。 企业用户已公开表达对SP2 的担忧，某些公司，包括IBM ，则通知员工暂停安装，以便进一步了解这个新系统。不过，也有公司认为SP2 新增的安全功能，胜过其可能造成的任何行政管理顾虑。 有些公司已经开始通知客户因为安装SP2 所产生的问题。网络拍卖商eBay便公布了两项顾客支持区的问题，该网站的工具列应用选项的部分功能，在安装SP2 和其图像增强服务后，完全无法作用。
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