古DNA是指从地下埋藏的、或以其它形式保存下来的石化、半石化和干化生物学材料中提取的基因片断。在考古学中古DNA研究可解决的关键问题包括,通过确定同一墓穴中的不同个体的性别及血缘关系,以期能够回答人们关注的古人类家族结构、文明和氏族状态等问题;通过对古代及现代人DNA序列的群体比较,以期描述及复原古代人群体结构、进化过程及迁移模式;此外古代动植物标本的分析能够定性地揭示古人类生活环境和动物驯化、植物人工培育的历史年代等。事实上,古DNA的研究成果已在不断地将动物驯化和农业耕种的年代向前推移。
分子考古学的介入,将对我们进一步了解中国古代文明历史、社会构成及古人类遗传结构提供重要的依据。同时对于考证中华民族的演化过程、我国多民族大家庭的历史变迁、人文考古学等有着不可忽视的重要价值。